冷冻机机组的制冷剂、载冷剂在设备选型过程中同样重要，制冷剂、载冷剂选型介绍如下。
（1）安全性。应选用无毒、不可燃的制冷剂；
（2）经济性。在同样工作循环中COP值要高，设备运行压力不能过高，否则将增加设备的电耗等运行费用；
（3）环保性。使用的制冷剂应满足《蒙特利尔议定书》及其修正案的承诺，不应选用被列为淘汰之列的制冷剂，优先选用环保性能好的制冷剂。
在复叠式超低温冰水机机组中高温级制冷剂一般选用中温制冷剂（R22、R407C、R410A、R404A）。
通过以上各种制冷剂性质的比较，R22除ODP值比其它制冷剂略高之外，它的经济性、循环稳定性都具有一定的优越性，是一种优良的过度型制冷剂。到目前为止，国家在执行《议定书》伦敦修止案过程中，允许使用HCFC类制冷剂至2030年，因此R22应作为优先选用之列。同时要随着制冷剂技术的发展，密切注意新型环保、高效制冷剂的开发情况。
超低温冷冻机机组由于其蒸发温度在-80℃以下，因此选用的载冷剂凝固点必须低于-80℃，常用的载冷剂有R11（CFCL3凝固点为-111.O℃）、R30（CH2CL2凝固点为-97.0℃）。在选用时应考虑：R11环保性能差，属于《国家逐步淘汰ODS国家方案》中10种受控物质之列，但是凝固点低，系统运行更可靠；R30环保性能好，但是凝固点高，因此对机组蒸发温度控制要求高，必须保证蒸发温度高于R30的凝固点。
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